В летнем сезоне 2011 года начаты работы по очистке водоемов парка от водной и прибрежной растительности. Как известно, пруды-зеркальца задуманы зодчими еще при строительстве парка и весьма искусно вписаны в ландшафт. Но по прошествии лет они начинают зарастать.

При планировании работ по очистке выбрана щадящая технология, не нарушающая откосы и дно водоемов. Растительность удаляется ручным способом и вывозится из парка. Завершаются работы по Бастионному рву и Круглому пруду в Нижнем Ботаническом саду.

В планах музея — попытка зимней очистки прудов — вырезка вместе со льдом иловых отложений и прибрежных растений.